Ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε' βρέθηκε σέ δεινή θέση αφότου έφθασε στήν Κωνσταντινούπολη η είδηση γιά τήν κήρυξη τής επανάστασης στήν Μολδαβία καί τή Βλαχία. Είχαν ήδη διαφανεί οι προθέσεις τού σουλτάνου Μαχμούτ Β' κατά τών χριστιανών υπηκόων του, αλλά ο Οικουμενικός Πατριάρχης ήταν αποφασισμένος νά μείνει στή θέση του καί νά προστατεύση όσο μπορούσε καλύτερα τό ποίμνίο του. Θά μπορούσε κάλλιστα νά δεχτεί τήν πρόταση τού Αχαιούμητροπολίτη Δέρκων Γρηγορίου, νά αναχωρήσουν καί οι δύο γιά τήν Πελοπόννησο καί από εκεί νά ηγηθούν τής επαναστάσεως. Θά έσωζαν έτσι καί τή ζωή τους καί δέν θά δέχονταν τίς επίκρίσεις πού δέχονται ακόμα καί σήμερα, ότι τάχα ήταν μέ τό μέρος τού τυράννου καί ενάντιοι στήν επανάσταση τών Ρωμιών. Αλλά η φυγή τους θά σημάδευε τήν έκδοση φετβά από τόν Σεϊχουλισλάμη γιά τή γενική σφαγή όλων τών απίστων (γκιαούρηδων) από τούς πιστούς οπαδούς τού Κορανίου καί τού Αλάχ.
«Καί Εγώ ως κεφαλή τού Έθνους καί υμείς η Σύνοδος οφείλομεν νά αποθάνωμε διά τήν κοινή σωτηρίαν, ο θάνατος ημών θά δώση δικαίωμα εις τήν Χριστιανοσύνην νά υπερασπίση τό Έθνος εναντίον τού τυράννου, αλλ' άν υπάγωμεν ημείς νά θαρύννωμεν τήν επανάστασιν, τότε θά δικαιώσωμεν τόν Σουλτάνον αποφασίσαντα νά εξολοθρεύση όλον τό Έθνος...»Οικουμενικός Πατριάρχης Νέας Ρώμης, Γρηγόριος Ε'
Έτσι ο Πατριάρχης μέ τήν Ιερά Σύνοδο εξέδωσε συνοδικό μέ τό οποίο αφόριζε τούς πρωτεργάτες τής επανάστασης, καταδίκαζε τίς ενέργειες τών επαναστατών καί τούς προέτρεπε νά μείνουν πιστοί στήν κραταιά βασιλεία τού σουλτάνου. Ο Μαχμούτ βεβαίως, είχε καλέσει στήν πρωτεύουσά του μουσουλμανικά στίφη από τίς επαρχίες, οργανωμένα από τούς ουλεμάδες καί άλλους φανατικούς δερβίσηδες καί κάλεσε τόν Χατζή Χαλήλ εφένδη νά εκδώσει φετβά γιά γενική σφαγή τών χριστιανών. Ο Σεϊχουλισλάμης όμως επηρεασμένος από τίς εκκλήσεις τού Πατριάρχη καί μέ αποδεικτικό στοιχείο τόν αφορισμό τών επαναστατών, αρνήθηκε νά εκδώσει διαταγή γενικής σφαγής όλων τών μή μουσουλμάνων. Έτσι αναβλήθηκε η διαταγή εξόντωσης όλων τών Ρωμιών τής Πόλης, από τόν γενναίο Χαλίλ, ο οποίος πλήρωσε μέ τήν ζωή του τήν απόφασή του αυτή.
«Ο Φαρμάκης ομολογεί μετέπειτα ότι ηθέλησεν νά κατηχήση εις τήν εταιρίαν τόν εξόριστο τότε εις τό Όρος τού Αθωνος Γρηγόριον Πατριάρχην, ότι ο σεβάσμιος ούτος γέρων έδειξε ευθύς ζωηρότατον ενθουσιασμόν υπέρ τού πνεύματος τής εταιρίας. Δέν ηθέλησεν όμως καί νά ορκομωτήση καί παρετήρησεν ότι αν ανακαλυφθή ποτέ εις τά βιβλία τής εταιρίας τό όνομά του, θέλει διακινδυνεύσει ολόκληρον τό έθνος, τού οποίου προείχε πάντοτε από τήν τύραννον εξουσίαν...»Ιωάννης Φιλήμων
Στίς 24 Μαρτίου 1821, τό θηρίο άρχισε νά εκτελεί τούς Φαναριώτες. Πρώτοι καρατομήθηκαν στήν Κωνσταντινούπολη οι: Νικόλαος Σκαναβής, Μιχαήλ Μάνος, Γεώργιος Μαυροκορδάτος, Μιχαήλ Χαντζερής, Στεφανάκης Μαυρογένης, Αλέξανδρος Ράλλης, Δημήτριος Παπαρρηγόπουλος, Αλέξανδρος Φωτεινός καί ο μέγας Λογοθέτης Θεόδωρος Ρίζος. Απαγχονίσθηκαν ο Μητροπολίτης Εφέσου Διονύσιος Καλλιάρχης, ο Σκαρλάτος Καλλιμάχης, ο Τσορμπατσόγλου, ο Γεώργιος Νέγρης. Τό παράδειγμα τού σουλτάνου τό ακολούθησαν οι γενίτσαροι καί άλλα στίφη μουσουλμάνων σφάζοντας καί βασανίζοντας χριστιανούς σέ πολλές πόλεις καί χωριά.
«Αρχάς Απριλίου 1821, ενώ ο ιμάμης φωνάζει εις τόν μιναρέν κατά τών απίστων, απειλούντων τήν θρησκείαν τού Μωάμεθ καί τόν θρόνον, οι Τούρκοι σφάζουσι τούς χριστιανούς όσους απαντώσωσιν εις τάς αγυιάς, εις τάς ρύμας τής Κωνσταντινουπόλεως.Βιάζουσι δέ τό άσυλον τών οικιών, συντρίβουσι τάς θύρας, εισβάλλουσιν ως τίγρεις καί φονεύουσιν όσους εύρωσιν εις αυτάς καί πανταχού δέν ακούονται ειμή άγριαι καί τρομακτικαί κραυγαί τών δημίων, οιμωγαί καί ολολυγαί των θυμάτων καί θρήνοι καί κοπετοί γυναικών καί παιδίων, όσων τυχόν φείδωνται τής ζωής.Νικόλαος Σπηλιάδης - Ελληνική Επανάστασις, 1851
Οι δέ πρέσβεις τών Χριστιανικών Δυνάμεων δέν εμποδίζουσι τήν μιαιφόρον χείρα τού Σουλτάνου τού νά χύνη αίματα απόπλων, αδυνάμων γερόντων, γυναικών, νηπίων καί μόνος ο Στρώγανωφ τόν λέγει νά διαστείλη τούς αθώους από τούς ενόχους καί νά μή φονεύη τούς ομοθρήσκους τού Αυτοκράτορος...
Ο δ' αιματοχαρής Μαχμούδ παραθαρρύνει ή μάλλον ειπείν προστάζει τόν αχαλίνωτον, τόν άγριον όχλον τών Τούρκων νά τόν μιμηθή δολοφονών καί πράττων όλα καί τά πλέον φρικώδη κακουργήματα, δι ών αρπαζόμενοι από τάς οικίας των όσοι τών τέ κληρικών καί τών σημαντικών Ελλήνων δέν ημπόρεσαν νά φύγωσιν, άλλοι μέν αποκεφαλίζονται, άλλοι δ' απαγχονίζονται ή πνίγονται διά βρόχου καί ρίπτονται εις τήν θάλασσαν καί άλλοι καταποντίζονται ζώντες εις τό Μεγαρεύμα καί άλλοι ρίπτονται εις τάς σκοτεινάς καί καθύγρους φυλακάς ένθα εκπνέουσιν ανηλεώς βασανιζόμενοι καί άλλοι εξορίζονται εις τά ενδότερα τής Ασίας...»
Όταν ο σουλτάνος, έμαθε γιά τήν επανάσταση τού Μοριά καί τής Ρούμελης εξαγριώθηκε ακόμα περισσότερο. Ήταν απολύτως βέβαιος ότι η Ρωσία βρισκόταν πίσω από τούς γκιαούρηδες. Θεωρούσε αδύνατον οι ραγιάδες νά τολμήσουν νά επαναστατήσουν από μόνοι τους χωρίς υποκίνηση από μία μεγάλη δύναμη. Συνέπεια τής εκτιμήσεως αυτής ήταν νά εξακολουθήσουν νά θεωρούνται ως κύρια μέτωπα αφ' ενός η Μολδοβλαχία, πού ήταν προωθημένη θέση γιά τή συγκράτηση τών Ρώσων, καί αφ' ετέρου η ίδια η Κωνσταντινούπολις. Έπρεπε επομένως νά συνεχιστή η αποστολή στρατευμάτων πρός τόν Δούναβη καί η συγκέντρωση μεγάλων δυνάμεων στρατού καί στόλου στήν πρωτεύουσα, προς μεγάλη ωφέλεια τής επαναστάσεως στήν Ελλάδα, πού η αντιμετώπισή της, κατά τούς πρώτους μήνες, αφέθηκε βασικά στίς επιτόπιες τουρκικές φρουρές.
Εξαπέλυσε καί άλλα κύματα τρομοκρατίας καί σφαγών σέ περιοχές τής Οθωμανικής επικράτειας γιά νά επιβεβαιώσει τό προσωνύμιο "χασάπης" πού τού είχαν αποδώσει οι Ρωμιοί υπήκοοί του. Τήν 1η Απριλίου 1821 οργανώθηκε διαδήλωση στήν Κωνσταντινούπολη μέ επικεφαλείς φανατικούς "σοφτάδες", τρόφιμους σπουδαστές τών ιερατικών σχολείων. Οι διαδηλωτές, αφού διέτρεξαν επί ώρες τους δρόμους τής πρωτεύουσας μέ κραυγές καί απειλές εναντίον τών απίστων, καταπάτησαν τήν έξω από τό τείχος ελληνική εκκλησία τής Ζωοδόχου Πηγής, τήν λεηλάτησαν καί τήν έκαψαν.
Ο κύριος σκοπός τών οργανωτών τής διαδηλώσεως ήταν νά προκληθεί σύγκρουση μέ Έλληνες"επαναστάτες" καί έτσι νά υπάρξει πρόσχημα γιά τη γενική σφαγή τών απίστων, χωρίς η πραγματοποίησή της νά παραβαίνει τόν τουρκικό νόμο καί δίχως νά παρέχει επιχειρήματα γιά επέμβαση τής Ρωσίας, πού οι συνθήκες τής παρείχαν δικαίωμα προστασίας τών Χριστιανών τής οθωμανικής αυτοκρατορίας. Έλληνες επαναστάτες όμως δέν εμφανίσθηκαν στούς δρόμους, όπως φαντάσθηκαν οι Τούρκοι. Οι Έλληνες κλείσθηκαν στα σπίτια τους. Δεν δόθηκε έτσι πρόσχημα για τη γενική σφαγή.
Ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε' έσπευσε στό σπίτι τού Μεγάλου Διερμηνέως Κωνσταντίνου Μουρούζη και τόν προέτρεψε νά φύγει, ώστε νά σωθεί, λέγοντάς του, σύμφωνα μέ τήν αφήγηση τού Φιλήμονος: «Αφετέ με νά πληρώσω εγώ τήν εκδίκησιν τού τυράννου. Είμαι γέρων, καταβαίνων τον τάφον. Το σχήμα μου, η λειτουργία μου, μέ καλούσιν εις θυσίαν υπέρ τού ποιμνίου. Σωθείτε όμως υμείς, διότι έχετε καί ηλικίαν καί ικανότητα καί θέσιν κοινωνικήν, νά υπηρετήσετε τήν πατρίδα».
Ο Κωνσταντίνος Μουρούζης όμως παρέμεινε καί αυτός στή θέση του, γιά νά μήν προκαλέσει περισσότερο τήν οργή τού τυράννου. Την Μεγάλη Δευτέρα, 4 Απριλίου 1821 θά έβρισκε τόν θάνατο αλλά θά προλάβαινε ο τέως δραγουμάνος νά φωνάξει στόν τύραννο πού παρακολουθούσε τόν αποκεφαλισμό: «Αιμοβόρε σουλτάνε! σουλτάνε άδικε! σουλτάνε άθλιε! η τελευταία ώρα τής βασιλείας σου εσήμανε αι ωμότητές σου τιμωρηθήσονται ο Θεός εκδικήσοι σοι τό ελληνικόν έθνος».
Εν τω μεταξύ, η Πύλη διέταξε τόν Πατριάρχη νά στείλει απογραφή τών ελληνικών οικογενειών πού έμεναν στό Φανάρι μέ τά ονόματα τών ανδρών, τις πατρίδες καί τά επαγγέλματά τους. Ήθελε νά έχει κατάλογο τών πλουσίων Ελλήνων καί τών μετοίκων Πελοποννησίων, Στερεοελλαδιτών καί Αιγαιοπελαγιτών, ώστε νά επιλέγει εύκολα τά θύματα, ανάλογα μέ τίς εκάστοτε αποφάσεις της. Επειδή δέν υπήρχε τέτοια απογραφή, ανέλαβαν νά τήν πραγματοποιήσουν δύο Τουρκοκρήτες, πού γνώριζαν ελληνικά. Συγχρόνως εκδόθηκε διάταγμα, πού απαγόρευε μέ ποινή θανάτου τήν αναχώρηση τών ραγιάδων υπό οποιαδήποτε σημαία. Ζητήθηκε σχετική συγκατάθεση τών πρέσβεων τών ευρωπαϊκών δυνάμεων καί δόθηκε. Απέκτησαν έτσι οι τουρκικές αρχές τό δικαίωμα νά ενεργούν έρευνα στα πλοία τών Δυνάμεων αυτών. Έστειλαν μάλιστα οι πρέσβεις διαταγές στούς προξένους των σέ όλη τήν οθωμανική επικράτεια, νά μήν παρέχουν στούς Έλληνες άσυλο ή υπεράσπιση, ούτε νά επιτρέπουν στούς πλοιάρχους νά δέχονται φυγάδες. Μόνο o πρέσβυς τής Ρωσίας Στρόγανωφ δέν αποδέχτηκε τό απάνθρωπο αυτό διάταγμα τής Πύλης.
Στίς 10 τό πρωί τής Κυριακής τού Πάσχα τής 10ης Απριλίου 1821, έφτασε στό Πατριαρχείο ο νέος μέγας διερμηνέας Σταυράκης Αριστάρχης καί κατευθύνθηκε στή μεγάλη αίθουσα, τό Μεγάλον Συνοδικόν. Ανέβηκε τότε εκεί καί ο πατριάρχης, καί συνδιαλεγόταν μαζί του, ενώ εκείνος έκρυβε τόν λόγο τής αποστολής του καί τήν ταραχή του όσο μπορούσε. Ξαφνικά ακούσθηκε θόρυβος από άλογα στήν αυλή καί παρουσιάστηκαν στήν αίθουσα, «μορφήν φέροντες τεράτων! αγριωπών», όπως γράφει ο Φιλήμων, «ο γενιτσάραγας, ο μποσταντσίμπασης, ο τσαουσλάρ εμινή, ο κεσεδάρης τού υπουργού τώv εξωτερικών καί άλλοι πολλοί μέχρι πεντήκοντα». Ο μέγας διερμηνέας σηκώθηκε όρθιος καί διάβασε διάταγμα παύσεως τού πατριάρχη καί εξορίας του. Οι Τούρκοι οδήγησαν τόν Γρηγόριο στήν αποβάθρα τού Φαναρίου όπου τόν επιβίβασαν σέ ακάτιο μαζί μέ τόν ανεψιό του Δημήτριο καί τόν ιεροδιάκονο Αγάπιο, που τόν συνόδευαν. Αντί νά κατευθυνθούν πρός τό Καδίκιοϊ (Χαλκηδόνα), τόν τόπο τής εξορίας του, σύμφωνα μέ τό διάταγμα, στράφηκαν πρός τό γιαλί - κιοσκιού, καί τόν έκλεισαν στήν τρομερή φυλακή τού μποσταντσίμπαση.
Στό Πατριαρχείο συγκεντρώθηκαν γιά τήν εκλογή νέου πατριάρχη, οι αρχιερείς, οι ηγεμόνεςΑλέξανδρος Καλλιμάχης καί Σκαρλάτος Καλλιμάχης, ο μέγας διερμηνέας Σταυράκης Αριστάρχης, ο μέγας λογοθέτης τής Εκκλησίας Στέφανος Μαυρογένης, οι πρόκριτοι καί οι προϊστάμενοι τών Συντεχνιών. Η εκλογή όμως καθυστερούσε. Οι καταλληλότεροι γιά τόν πατριαρχικό θρόνο αρχιερείς παρακαλούσαν νά μήν εκλεγούν. Έφθασε τότε νέα, αυστηρή διαταγή τής Πύλης, νά γίνη αμέσως η εκλογή. Τελικά δέχθηκε ο Πισιδίας Ευγένιος, Φιλιππουπολίτης. Εφοδιάσθηκε αμέσως μέ τή συστατική αναφορά καί πήγε στήν Πύλη σύμφωνα με τά καθιερωμένα. Όταν γύρισε, έγινε δεκτός μέ τίς συνηθισμένες τυπικές τιμές καί επακολούθησε η δοξολογία μέσα σέ ατμόσφαιρα κατήφειας, θλίψεως καί αγωνίας.
Μετά τήν αναχώρηση από τήν Πύλη τού νέου Πατριάρχη οι Τούρκοι βγάλανε από τη φυλακή τόν Γρηγόριο, τόν επιβίβασαν πάλι σέ ακάτιο μέ συνεπιβάτη τόν κοτσίμπαση (αρχιβασανιστή) καί απομάκρυναν τούς δικούς του συνοδούς. Το ακάτιο, κυκλωμένο από άλλα, μέ 4 ως 5 στρατιώτες, κατευθύνθηκε πίσω στήν αποβάθρα τού Φαναρίου, όπου καί αποβίβασαν τόν πατριάρχη μέ τά χέρια του δεμένα πίσω. Εκεί άγριο πλήθος Τούρκων ενόπλων καί στρατιωτών είχε συγκεντρωθεί καί περίμενε, γαυριώντας, νά παρακολουθήσει τή θανάτωση τού αρχηγού τών Ελλήνων.
Ο Γρηγόριος προχώρησε λίγα βήματα, γονάτισε καί έσκυψε τό κεφάλι, περιμένοντας τό μαχαίρι τού δημίου. Αλλά ο κοτσίμπασης τού έδωσε λάκτισμα καί τού είπε αγρία "καλκ γιου ρου" (σήκω καί προχώρα) καί, όπως ο πατριάρχης από τό γήρας καί τήν εξάντληση δέν μπορούσε νά σηκωθεί, τόν βοήθησε o ίδιος. Δυό στρατιώτες τόν υποβάσταζαν γιά νά συνεχίσει τήν πορεία στόν ανηφορικό δρόμο πρός τό Πατριαρχείο. Τελικά τόν κρέμασαν στή μεσαία από τίς τρείς εξωτερικές θύρες τού Πατριαρχείου.
Εξαπέλυσε καί άλλα κύματα τρομοκρατίας καί σφαγών σέ περιοχές τής Οθωμανικής επικράτειας γιά νά επιβεβαιώσει τό προσωνύμιο "χασάπης" πού τού είχαν αποδώσει οι Ρωμιοί υπήκοοί του. Τήν 1η Απριλίου 1821 οργανώθηκε διαδήλωση στήν Κωνσταντινούπολη μέ επικεφαλείς φανατικούς "σοφτάδες", τρόφιμους σπουδαστές τών ιερατικών σχολείων. Οι διαδηλωτές, αφού διέτρεξαν επί ώρες τους δρόμους τής πρωτεύουσας μέ κραυγές καί απειλές εναντίον τών απίστων, καταπάτησαν τήν έξω από τό τείχος ελληνική εκκλησία τής Ζωοδόχου Πηγής, τήν λεηλάτησαν καί τήν έκαψαν.
Ο κύριος σκοπός τών οργανωτών τής διαδηλώσεως ήταν νά προκληθεί σύγκρουση μέ Έλληνες"επαναστάτες" καί έτσι νά υπάρξει πρόσχημα γιά τη γενική σφαγή τών απίστων, χωρίς η πραγματοποίησή της νά παραβαίνει τόν τουρκικό νόμο καί δίχως νά παρέχει επιχειρήματα γιά επέμβαση τής Ρωσίας, πού οι συνθήκες τής παρείχαν δικαίωμα προστασίας τών Χριστιανών τής οθωμανικής αυτοκρατορίας. Έλληνες επαναστάτες όμως δέν εμφανίσθηκαν στούς δρόμους, όπως φαντάσθηκαν οι Τούρκοι. Οι Έλληνες κλείσθηκαν στα σπίτια τους. Δεν δόθηκε έτσι πρόσχημα για τη γενική σφαγή.
Ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε' έσπευσε στό σπίτι τού Μεγάλου Διερμηνέως Κωνσταντίνου Μουρούζη και τόν προέτρεψε νά φύγει, ώστε νά σωθεί, λέγοντάς του, σύμφωνα μέ τήν αφήγηση τού Φιλήμονος: «Αφετέ με νά πληρώσω εγώ τήν εκδίκησιν τού τυράννου. Είμαι γέρων, καταβαίνων τον τάφον. Το σχήμα μου, η λειτουργία μου, μέ καλούσιν εις θυσίαν υπέρ τού ποιμνίου. Σωθείτε όμως υμείς, διότι έχετε καί ηλικίαν καί ικανότητα καί θέσιν κοινωνικήν, νά υπηρετήσετε τήν πατρίδα».
Ο Κωνσταντίνος Μουρούζης όμως παρέμεινε καί αυτός στή θέση του, γιά νά μήν προκαλέσει περισσότερο τήν οργή τού τυράννου. Την Μεγάλη Δευτέρα, 4 Απριλίου 1821 θά έβρισκε τόν θάνατο αλλά θά προλάβαινε ο τέως δραγουμάνος νά φωνάξει στόν τύραννο πού παρακολουθούσε τόν αποκεφαλισμό: «Αιμοβόρε σουλτάνε! σουλτάνε άδικε! σουλτάνε άθλιε! η τελευταία ώρα τής βασιλείας σου εσήμανε αι ωμότητές σου τιμωρηθήσονται ο Θεός εκδικήσοι σοι τό ελληνικόν έθνος».
Εν τω μεταξύ, η Πύλη διέταξε τόν Πατριάρχη νά στείλει απογραφή τών ελληνικών οικογενειών πού έμεναν στό Φανάρι μέ τά ονόματα τών ανδρών, τις πατρίδες καί τά επαγγέλματά τους. Ήθελε νά έχει κατάλογο τών πλουσίων Ελλήνων καί τών μετοίκων Πελοποννησίων, Στερεοελλαδιτών καί Αιγαιοπελαγιτών, ώστε νά επιλέγει εύκολα τά θύματα, ανάλογα μέ τίς εκάστοτε αποφάσεις της. Επειδή δέν υπήρχε τέτοια απογραφή, ανέλαβαν νά τήν πραγματοποιήσουν δύο Τουρκοκρήτες, πού γνώριζαν ελληνικά. Συγχρόνως εκδόθηκε διάταγμα, πού απαγόρευε μέ ποινή θανάτου τήν αναχώρηση τών ραγιάδων υπό οποιαδήποτε σημαία. Ζητήθηκε σχετική συγκατάθεση τών πρέσβεων τών ευρωπαϊκών δυνάμεων καί δόθηκε. Απέκτησαν έτσι οι τουρκικές αρχές τό δικαίωμα νά ενεργούν έρευνα στα πλοία τών Δυνάμεων αυτών. Έστειλαν μάλιστα οι πρέσβεις διαταγές στούς προξένους των σέ όλη τήν οθωμανική επικράτεια, νά μήν παρέχουν στούς Έλληνες άσυλο ή υπεράσπιση, ούτε νά επιτρέπουν στούς πλοιάρχους νά δέχονται φυγάδες. Μόνο o πρέσβυς τής Ρωσίας Στρόγανωφ δέν αποδέχτηκε τό απάνθρωπο αυτό διάταγμα τής Πύλης.
Στίς 10 τό πρωί τής Κυριακής τού Πάσχα τής 10ης Απριλίου 1821, έφτασε στό Πατριαρχείο ο νέος μέγας διερμηνέας Σταυράκης Αριστάρχης καί κατευθύνθηκε στή μεγάλη αίθουσα, τό Μεγάλον Συνοδικόν. Ανέβηκε τότε εκεί καί ο πατριάρχης, καί συνδιαλεγόταν μαζί του, ενώ εκείνος έκρυβε τόν λόγο τής αποστολής του καί τήν ταραχή του όσο μπορούσε. Ξαφνικά ακούσθηκε θόρυβος από άλογα στήν αυλή καί παρουσιάστηκαν στήν αίθουσα, «μορφήν φέροντες τεράτων! αγριωπών», όπως γράφει ο Φιλήμων, «ο γενιτσάραγας, ο μποσταντσίμπασης, ο τσαουσλάρ εμινή, ο κεσεδάρης τού υπουργού τώv εξωτερικών καί άλλοι πολλοί μέχρι πεντήκοντα». Ο μέγας διερμηνέας σηκώθηκε όρθιος καί διάβασε διάταγμα παύσεως τού πατριάρχη καί εξορίας του. Οι Τούρκοι οδήγησαν τόν Γρηγόριο στήν αποβάθρα τού Φαναρίου όπου τόν επιβίβασαν σέ ακάτιο μαζί μέ τόν ανεψιό του Δημήτριο καί τόν ιεροδιάκονο Αγάπιο, που τόν συνόδευαν. Αντί νά κατευθυνθούν πρός τό Καδίκιοϊ (Χαλκηδόνα), τόν τόπο τής εξορίας του, σύμφωνα μέ τό διάταγμα, στράφηκαν πρός τό γιαλί - κιοσκιού, καί τόν έκλεισαν στήν τρομερή φυλακή τού μποσταντσίμπαση.
Στό Πατριαρχείο συγκεντρώθηκαν γιά τήν εκλογή νέου πατριάρχη, οι αρχιερείς, οι ηγεμόνεςΑλέξανδρος Καλλιμάχης καί Σκαρλάτος Καλλιμάχης, ο μέγας διερμηνέας Σταυράκης Αριστάρχης, ο μέγας λογοθέτης τής Εκκλησίας Στέφανος Μαυρογένης, οι πρόκριτοι καί οι προϊστάμενοι τών Συντεχνιών. Η εκλογή όμως καθυστερούσε. Οι καταλληλότεροι γιά τόν πατριαρχικό θρόνο αρχιερείς παρακαλούσαν νά μήν εκλεγούν. Έφθασε τότε νέα, αυστηρή διαταγή τής Πύλης, νά γίνη αμέσως η εκλογή. Τελικά δέχθηκε ο Πισιδίας Ευγένιος, Φιλιππουπολίτης. Εφοδιάσθηκε αμέσως μέ τή συστατική αναφορά καί πήγε στήν Πύλη σύμφωνα με τά καθιερωμένα. Όταν γύρισε, έγινε δεκτός μέ τίς συνηθισμένες τυπικές τιμές καί επακολούθησε η δοξολογία μέσα σέ ατμόσφαιρα κατήφειας, θλίψεως καί αγωνίας.
Μετά τήν αναχώρηση από τήν Πύλη τού νέου Πατριάρχη οι Τούρκοι βγάλανε από τη φυλακή τόν Γρηγόριο, τόν επιβίβασαν πάλι σέ ακάτιο μέ συνεπιβάτη τόν κοτσίμπαση (αρχιβασανιστή) καί απομάκρυναν τούς δικούς του συνοδούς. Το ακάτιο, κυκλωμένο από άλλα, μέ 4 ως 5 στρατιώτες, κατευθύνθηκε πίσω στήν αποβάθρα τού Φαναρίου, όπου καί αποβίβασαν τόν πατριάρχη μέ τά χέρια του δεμένα πίσω. Εκεί άγριο πλήθος Τούρκων ενόπλων καί στρατιωτών είχε συγκεντρωθεί καί περίμενε, γαυριώντας, νά παρακολουθήσει τή θανάτωση τού αρχηγού τών Ελλήνων.
Ο Γρηγόριος προχώρησε λίγα βήματα, γονάτισε καί έσκυψε τό κεφάλι, περιμένοντας τό μαχαίρι τού δημίου. Αλλά ο κοτσίμπασης τού έδωσε λάκτισμα καί τού είπε αγρία "καλκ γιου ρου" (σήκω καί προχώρα) καί, όπως ο πατριάρχης από τό γήρας καί τήν εξάντληση δέν μπορούσε νά σηκωθεί, τόν βοήθησε o ίδιος. Δυό στρατιώτες τόν υποβάσταζαν γιά νά συνεχίσει τήν πορεία στόν ανηφορικό δρόμο πρός τό Πατριαρχείο. Τελικά τόν κρέμασαν στή μεσαία από τίς τρείς εξωτερικές θύρες τού Πατριαρχείου.
«Συγχρόνως δέ εκρεμάσθησαν εις διάφορα μέρη τής Κωνσταντινουπόλεως καί τού Γαλατά, ο Εφέσου Διονύσιος, ο Νικομηδείας Αθανάσιος, ο Αγχιάλου Ευγένιος, ο Δέρκων Γρηγόριος, ο Θεσσαλονίκης Ιωσήφ καί ο Αδριανουπόλεως Δωρόθεος Πρώϊος. Τά δέ σώματα τού τε Πατριάρχου καί τών λοιπών εσύρθησαν ατίμως υπό Εβραίων καί ερρίφθησαν εις τήν θάλασσαν. Τό σώμα όμως τού Πατριάρχου Γρηγορίου ευρέθη τήν τρίτην ημέραν υπό τού Κεφαλλήνου πλοιάρχου Γ. Σκλάβου, υφ' ού καί μετηνέχθη εις Οδησσόν, ένθα διαταγή τού αυτοκράτορος, ετελέσθη μεγαλοπρεπής κηδεία.Επίτομος Ιστορία τής Ελληνικής Επαναστάσεως - Θεόφιλος Γεώργιος, Αθήνησι 1860
Η οικογένεια τών φιλότουρκων Καλλιμαχών εξωρίσθη εις τήν Ασίαν, όπου μετά τινας μήνας, ο μέν ηγεμών Σκαρλάτος Καλλιμάχης επνίγη υπό Τούρκου δημίου, ο δέ αδελφός αυτού Ιωάννης απεκεφαλίσθη εις Προύσαν.
Αι ημέραι εκείναι ήσαν ημέραι φρίκης καί τρόμου διά τούς εν Κωνσταντινουπόλει Χριστιανούς. Αι οικίαι καί οι γυναικονίται επατούντο, οι αιμοχαρείς Ασιανοί Τούρκοι σείοντες γυμνάς τάς ρομφαίας καί φρυάττοντες, περιέτρεχον τάς οδούς θύοντες καί απολύοντες όσους τού κοινού λαού απήντων, άλλους έσφαζον επί τών οδών, άλλους εκρέμων, άλλους παρέδιδον εις τά βασανιστήρια, εκκλησίας εμίαινον καί εγύμνωνον, περιουσίας εδήμευον, γυναίκας καί κοράσια ήρπαζον...
Ιδού οι Οθωμανοί, τούς οποίους η Ευρώπη ελπίζει νά εκπολιτίση!»
«When the news reached the Sultan of the insurrectionary movements, he resolved upon a mode of revenge, which showed that he merited the title of butcher, bestowed upon him by the Greeks. Let us pass over the murder of the young, learned and accomplished Demetre Morousi (Δημήτριος Μουρούζης) his grand interpreter; for this, there was the shadow of an excuse.
But in order to outrage, in the highest possible degree, the feelings of every Greek, it was resolved to strike a blow which should excite their indignation and horror; not only by the enormity of the crime, but by the sanctity and rank of the victim. The head of the Greek church, the Grand Patriarch, resident at Constantinople, was then Gregory...
Οn Easter Sunday, after the performance of church ceremonies, he was seized as he came out at the door, by the Sultan' s emissaries; dragged off to his palace and hung up over the gate like a dog; and his body left for two days, to be scoffed at, and spit on by every good Moussulman and then dragged by the heels to the sea shore and thrown into the water. This brutal act, accompanied by every aggravating circumstance that could render it worthy of the imperial butcher, by whom it was perpetrated, was the signal for the commencement of outrages upon the Christians;
Then began those massacres of men, women, and children, with the sickening details of which the European journals teemed for months. Then the streets of Constantinople ran down with Christian blood; then murder and rapine had full sway in tile lair of the Sultan. Churches were broken into and pillaged, the ornaments torn down, and the pictures of the saints defiled in every way; nine bishops, besides hundreds of priests were hung; and many thousands of the common people butchered in cold blood, and without possibility of defence.
The bloody signal given at Constantinople, was heard through Asia Minor, where the Turkish population greatly outnumbers the Greek; and they began an indiscriminate slaughter of all whom they could find. The smoke of hundreds of peacefull villages, and the blood of tens of thousands of Greeks, were made to atone for the fault of their countrymen in a distant put of the empire, who had dared to revolt. If there was a Greek who till now had hesitated, desperation decided him; the die was far ever cast; and Greek and Turk had become open and irreconcilable enemies...»
Χάου 1828
But in order to outrage, in the highest possible degree, the feelings of every Greek, it was resolved to strike a blow which should excite their indignation and horror; not only by the enormity of the crime, but by the sanctity and rank of the victim. The head of the Greek church, the Grand Patriarch, resident at Constantinople, was then Gregory...
Οn Easter Sunday, after the performance of church ceremonies, he was seized as he came out at the door, by the Sultan' s emissaries; dragged off to his palace and hung up over the gate like a dog; and his body left for two days, to be scoffed at, and spit on by every good Moussulman and then dragged by the heels to the sea shore and thrown into the water. This brutal act, accompanied by every aggravating circumstance that could render it worthy of the imperial butcher, by whom it was perpetrated, was the signal for the commencement of outrages upon the Christians;
Then began those massacres of men, women, and children, with the sickening details of which the European journals teemed for months. Then the streets of Constantinople ran down with Christian blood; then murder and rapine had full sway in tile lair of the Sultan. Churches were broken into and pillaged, the ornaments torn down, and the pictures of the saints defiled in every way; nine bishops, besides hundreds of priests were hung; and many thousands of the common people butchered in cold blood, and without possibility of defence.
The bloody signal given at Constantinople, was heard through Asia Minor, where the Turkish population greatly outnumbers the Greek; and they began an indiscriminate slaughter of all whom they could find. The smoke of hundreds of peacefull villages, and the blood of tens of thousands of Greeks, were made to atone for the fault of their countrymen in a distant put of the empire, who had dared to revolt. If there was a Greek who till now had hesitated, desperation decided him; the die was far ever cast; and Greek and Turk had become open and irreconcilable enemies...»
Χάου 1828
«Ο Πατριάρχης, βιαζόμενος υπό τής Πόρτας, σας στέλλει αφοριστικά καί Εξάρχους, παρακινώντας σας νά ενωθήτε μέ τήν Πόρταν. Εσείς όμως νά τά θεωρήτε αυτά ως άκυρα, καθότι γίνονται μέ βίαν καί δυναστείαν καί άνευ τής θελήσεως τού Πατριάρχου.»
Αλέξανδρος Υψηλάντης σέ επιστολή του στον Κολοκοτρώνη, γιά τόν αφορισμό
Αλέξανδρος Υψηλάντης σέ επιστολή του στον Κολοκοτρώνη, γιά τόν αφορισμό
«Με προτρέπετε εις φυγήν, μάχαιρα θά διέλθη τάς ρύμας τής Κωνσταντινουπόλεως καί λοιπών πόλεων τών Χριστιανικών επαρχιών. Υμείς επιθυμείτε, όπως εγώ μετημφιεσμένος καταφύγω εις πλοίον ή κλεισθώ εν οικί οιουδήποτε ευεργετικού ημών πρεσβευτού, ν' ακούω δ' εκείθεν πως οι δήμιοι κατακρεουργούσι τόν χηρεύσαντα λαόν ουχί. Εγώ δια τούτο είμαι Πατριάρχης, όπως σώσω τό έθνος μου, ουχί δε όπως απολέσω τούτο δια τής χειρός τών γενιτσάρων. Ο θάνατός μου ίσως επιφέρει μεγαλυτέραν ωφέλειαν παρά η ζωή μου. Οι ξένοι Χριστιανοί ηγεμόνες δέν θά θεωρήσωσιν αδιαφόρως πώς η πίστις αυτών εξυβρίσθη εν τώ προσώπω μου. Οι Έλληνες, οι άνδρες τής μάχης, θά μάχωνται μετά μεγαλυτέρας μανίας, όπερ συχνάκις δωρείται τήν νίκην εις τούτο είμαι πεπεισμένος. Βλέπετε μεθ' υπομονής εις ό,τι καί αν μου συμβεί.»
Πατριάρχης Γρηγόριος Ε'
Πατριάρχης Γρηγόριος Ε'
«Προϊόντος δέ τού Μαρτίου, επέστη καί η κλητή ημέρα τής 25 αυτού, καί τό κήρυγμα τής επαναστάσεως διεσαλπίσθη καί εκ Πελοποννήσου καί μέχρι τέλους τού μηνός αυτού ηκούσθη πανταχού ως είρηται. Τότε δή καί τό τουρκικό ξίφος υψωθέν κατεφέρεο μανιωδώς πανταχού τού κράτους κατά τών ελληνιζόντων Χριστιανών, καί όσω η επανάστασις ελάμβανε διαστάσεις μείζονας, τόσω μείζων καί τήν Υψηλήν Πύλην κατελάμβανε μανία πρός σφαγάς.»
Μιχαήλ Οικονόμου - Ιστορικά περί τής Ελληνικής Παλιγγενεσίας, Εν Αθήναις 1873
Μιχαήλ Οικονόμου - Ιστορικά περί τής Ελληνικής Παλιγγενεσίας, Εν Αθήναις 1873
«Όλοι κλαύστε αποθαμμένος
Ο αρχηγός τής Εκκλησιάς
Κλαύστε, κλαύστε κρεμασμένος
Ωσάν νά 'τανε φονιάς.
Έχει ολάνοικτο τό στόμα
Π' ώραις πρώτα είχε γευθή
Τ' Άγιον Αίμα, τ' Άγιον Σώμα
Λές πώς θέ νά ξαναβγή.»
Ύμνος εις τήν Ελευθερίαν, Διονύσιος Σολωμός